由於科技的進步造成全球暖化與氣候變遷、加上森林砍伐與自然環境的惡化、全球人口急速增加各種因素，導致部分物種面臨滅絕的危機。興大在保育工作上從校園營造開始，標榜全臺第一所有機生態校園，在校內亦有許多致力奉獻一生在海洋與陸域生物保育的鬥士們，以科學的方式來保護及復育生態系統，1982 年動物科學系成立土雞保種中心，為全臺最完整的雞隻種原保種庫，2018 年生命科學院成立全球變遷生物學研究中心，深入探討全球變遷對生物多樣性與生態的影響，希望透過跨領域研究，提出因應「全球變遷」問題的解決之道。

森林生態系統永續經營 
臺灣森林生態具有豐富的生物多樣性，擁有眾多原生種植物，實驗林管理處 ( 以下稱林管處 ) 的惠蓀林場與新化林場在永豐餘集團何壽川董事長的捐贈下，成立臺灣原生食藥用植物保種教育中心，陸續收集 648 種食藥用植物種源，惠蓀林場收集 101 種稀有植物，提供作保種、選育及教育使用。森林學系曾彥學教授極力推廣使用臺灣原生植物、樹木來進行園藝造景，經長期研究調查，整理出一份對本地氣候環境較熟悉，不易有病蟲害的「臺灣原生植物於園藝、景觀應用樹種名錄」，提供給各縣市政府，鼓勵各界廣為種植。同時，林管處與農委會林業試驗所合作執行「國家植物園方舟計畫」，為臺灣特稀有植物找一個安穩的家。在實踐社會責任上，也不遺餘力，藉由展示與教育活動進行瀕危物種與生態知識教學，持續深化社會大眾的自然保育意識，更組成 USR 種子團隊，執行「月桃在眉原部落再現風華新農業」與「原生植物在仁愛鄉原民部落再現風華」等計畫，將近年研發成果推廣至惠蓀林場周遭部落，持續為森林生態系統永續發展盡一份心力。

守護淺山食蛇龜 _ 隨「石」照「虎」獲平安
稀有保育野生動物 - 食蛇龜，是臺灣唯一陸棲性淡水龜，因病不幸離世的生態保育鬥士生命科學系吳聲海教授，一生堅持投入在地生態保育工作，自 2006 年起以自掏腰包方式積極保育食蛇龜，受林務局委託於本校設立食蛇龜收容中心，透過臺北巿立動物園、日月光文教基金會、吳舜文策進會、台積電、田家樂社區發展協會等協助，收容超過2,000隻以上被盜捕的食蛇龜。為感念吳教授生平對學術研究與生態保育的貢獻與努力，生命科學系號召成立「吳聲海教授紀念獎學金」，每年提供獎學金給予願意投入生態保育的優秀學生們，延續教授一生致力的保育理念。
石虎是瀕臨絕種一級保育類野生動物，全臺現存數量估計不到 500 隻，中臺灣淺山丘陵地區是主要棲地及活動區，由於石虎活動範圍與人類高度重疊，石虎路殺事件頻傳。2018 年中苗投彰四縣市與興大簽署合作備忘錄，宣誓攜手守護石虎。興大全球變遷生物學研究中心吳聲海老師主辦「107 年中部地區石虎保育論壇」，共同投入石虎保育，建立石虎保育研究交流與推廣機制，為中部地區在開發同時能打造適合石虎生存的自然環境，並持續辦理保育宣導研習會、論壇與演講等，結合政府和民間力量共同守護石虎族群與棲地環境以落實保育措施。2019 年交通部公路總局、農委會特生中心與興大合作研發 AI 辨識系統以及聲光波生物緩速設備，機械工程系助理教授蔣雅郁參與建置全球首創路殺預警系統，苗栗台 3 線智慧上路，當感測器偵測辨識出有石虎通過，就會啟動聲光波緩速設備，發射出聲音或光波，讓動物分散注意力而暫緩前往道路的時間，降低石虎遭撞風險。

守護墾丁珊瑚礁生態 復育臺灣國寶魚
臺灣國寶魚 - 櫻花鉤吻鮭在 2001 年時曾只剩下不到 500尾，2004 年生命科學系林幸助特聘教授聯合中研院與國內21位學者組成研究團隊，在武陵溪展開長達12年的「武陵長期生態監測研究」（WLTER），在研究團隊「拆壩護生態」的具體建議下在各方單位機關、專家學者的努力之下，現已成功復育野放原有棲息地。雪霸國家公園管理處拆除了長年來阻隔鮭魚洄游的武陵七家灣溪一號防砂壩，開闢鮭魚生態廊道，2019 年野外族群數量調查顯示，野生櫻花鉤吻鮭已突破一萬尾，在產官學研通力合作下，成功保住屬於冰河孑遺的臺灣國寶魚一線生機。
墾丁國家公園海域擁有珊瑚礁及海草床兩大熱帶沿岸生態系統，生物多樣性高，扮演著藍碳吸存二氧化碳、防護海岸、減緩海嘯巨浪沖擊及孕育沿海漁業資源的生態功能。為深入了解墾丁海域生態系與海域劣化主要原因，生命科學系林幸助特聘教授用十六年時間研究墾丁長期生態，整合墾丁珊瑚礁主要的生物類群資料，建議應設置污水處理系統，避免沿岸人為營養物質過量輸入到海洋，藉此提高臺灣海洋生態系統的生態韌性，減緩氣候變遷產生對於珊瑚礁生態系的衝擊，臺灣海洋生態環境才得以永續。