2020 年新冠肺炎 COVID-19 肆虐全球，讓全世界注意到人畜共通疾病的潛在危險性，興大致力培養臨床教研人才，持續改善現有動物疫苗研發優勢，同時擴展與人類健康醫學相關之慢性疾病或癌症動物模式、健康食品評估之動物毒理模式及人畜共通傳染病之研究。在動物福祉方面亦實際走出校園向民眾宣導其重要性，並透過巡迴絕育、浪浪醫療室、義診、提供收容所醫療服務等形式，為臺灣資源較匱乏的偏鄉動物醫療盡一份心力。
禽流感的長期監控與防治
獸醫學院成立禽流感初篩合約實驗室團隊，協助配合政府動物防疫機關針對轄區臺中市、彰化縣、南投縣、雲林縣、金門縣等各縣市家禽場禽流感採樣、檢測與監控。2019 年至 2021 年每年執行檢測陸禽場約 250 場次、水禽場 230 場次、案例場周圍 1 公里加強監控 310 場次、鴕鳥 40 場次。此外，團隊並參與農委會家畜衛生試驗所對案例場禽流感傳播風險因子研究，每年現場疫情訪視家禽 30 餘場、環境採樣、家禽疾病輔導。
團隊專家出版專書協助農民提升禽場自主生物安全及疾病防範，同時每年至少舉辦 3~5 場對家禽獸醫師及禽場相關從業人員之生物安全講習會，對家禽疾病防治、禽流感監控、相關人員專業能力提升、及保障國人食品安全，進行完善宣導，關照國人健康安全。

「人畜共通」疾病的監測、預防及治療
新冠病毒全球肆虐，各國正積極進行疫苗或藥物開發等研究。基因體暨生物資訊所特聘教授侯明宏研究團隊與美國喬治梅森大學合作，以突變機率相對低的病毒核殼蛋白功能為目標的新穎藥物開發策略，成果發表於醫藥化學領域重要國際期刊《藥物化學》(Journal of Medicinal Chemistry)，獲選為期刊封面，受學術界高度重視。團隊設計的分子藥物作用於病毒獨有功能的核殼蛋白上不易突變的胺基酸位點，及藥物與蛋白質分子結構作用機制，為藥物結構優化和改善藥物副作用依據，作為開發抗冠狀病毒藥物策略，榮獲 2020 年第 17 屆國家新創獎 - 創新防疫科技類獎。另獸醫學系郭致榮副教授與中研院團隊共同篩選出新冠病毒主要蛋白抑制劑，可在體外抑制新冠病毒複製，比傳統抑制劑效果強 10倍，有助於新藥的開發。
全球醫學界菁英投入開發新冠肺炎新藥，從臨床用藥、民俗藥物或預防用藥，都是目前重視的研究主題。森林學系特聘教授王升陽研究團隊從超過 60 種植物精油，篩選出顯著抑制新冠病毒感染可能路徑的精油，研究證明天竺葵和檸檬精油及其主成分具有開發天然抗病毒劑的潛力，成果刊登於天然物化學優質國際期刊 Plants。
獸醫學院徐維莉教授研究團隊針對放牧牧場病原監測調查，在羊、牛樣本中測得「發熱伴血小板減少綜合症」病毒核酸及抗體，結果顯示該病原已於臺灣動物族群現蹤，成果刊登於感染學領域重量級國際期刊 Emerging Microbes & Infections。團隊持續監測感染病原的自然界保毒宿主及病媒昆蟲，即時分析流行傳播風險，落實防治新興人畜共通疾病。